Brandner ist seit November 2013 Mitglied der Alternative für Deutschland, die im April desselben Jahres gegründet wurde. Bei der Landtagswahl in Thüringen 2014 zog Brandner über die Landesliste der AfD Thüringen in den Thüringer Landtag ein. Dort wurde er Vorsitzender des Ausschusses für Migration, Justiz und Verbraucherschutz und stellvertretender Vorsitzender der AfD-Fraktion.
Er war knapp 30 Jahre lang Mitglied der katholischen Studentenverbindung KStV Agilolfia Regensburg im Kartellverband katholischer deutscher Studentenvereine und wurde im Januar 2020 von dieser ausgeschlossen. Nach Angaben der Agilolfia handelt es sich um den ersten Ausschluss eines Mitgliedes in der Geschichte der Korporation.
Während Landtagsreden und Kundgebungen fiel Brandner mehrmals durch Beschimpfungen politischer Gegner auf.
Brandner erhielt in den drei Jahren seiner Landtagszugehörigkeit 32 Ordnungsrufe, die er auf seiner persönlichen Website akribisch auflistete.
Am 19. Mai 2016 wurde Brandner nach mehreren verbalen Angriffen gegen die Parteien Bündnis 90/Die Grünen („Klimaschutz, Kinderschänder und Koksnasen“) und CDU von einer Landtagssitzung ausgeschlossen, am 1. Juni 2017 erfolgte ein erneuter Saalverweis. In seiner Abschiedsrede aus dem Landtag sprach er von sich selbst als dem „Pöbler aus dem Landtag“
Bei einem Auftritt in Jena am 12. September 2017 bezeichnete er anwesende Gegendemonstranten als „Ergebnis von Sodomie und Inzucht“ und verglich sie außerdem mit der SA.
Am 31. Oktober 2019 bezeichnete Brandner das Anfang des Monats an den Musiker Udo Lindenberg verliehene Bundesverdienstkreuz 1. Klasse in einem Tweet als „Judaslohn“
Brandner wurde in der Folge der erneuten von allen anderen Parteien im Bundestag als unhaltbar bewerteten Eskalationen am 13. November 2019 von den Mitgliedern des Rechtsausschusses als Vorsitzender abgewählt – ein bisher einmaliger Vorgang im Bundestag. Quelle
„Den AfD-Abgeordneten Brandner und Boehringer fehlen der Respekt und der Anstand, die man braucht, wenn man als Politiker respektable Ämter ausfüllen will.“ Quelle
„„Weder menschlich noch politisch die notwendige Eignung“ Quelle
Am 12. August 2020[71] löste Brandner einen Einsatz der Bundespolizei aus, weil er sich im ICE Berlin–Rügen weigerte, eine Maske zu tragen, was gegen die zu der Zeit geltende Maskenpflicht verstieß. Laut eigener Aussage aß er gerade ein Gebäckstück, als ihn der Schaffner ansprach. Zum Schaffner habe er gesagt: „Esse gerade, geht nicht, danach überleg ich’s mir.“ Der Schaffner verständigte daraufhin die Polizei und Brandner soll sich auf der Toilette eingeschlossen haben.
„Stephan Brandner wollte sich im Zug nicht an die Maskenpflicht halten, der Schaffner rief die Polizei. Der AfD-Politiker schloss sich daraufhin in der Toilette ein.“ Quelle
Nach dem Messerangriff eines Mannes aus Somalia in Würzburg im Juni 2021 behauptete Brandner in einem Video auf YouTube wahrheitswidrig, es gebe keine Solidarität mit den Opfern in Form von Lichterketten. Tatsächlich gab es am Tag dieser Videoaufzeichnung eine Lichterkette in Würzburg, über deren Vorbereitung die Medien im Vorfeld auch berichtet hatten. Quelle
2021 schürte Brandner Zweifel an der Sicherheit der Briefwahl zur Bundestagswahl 2021. Im Parlament behauptete er: „Weil aus Ihrer Sicht Wahlen gesundheitsschädigend sind, doktern Sie auch seit einiger Zeit an dunklen Ideen und Plänen zur Briefwahl herum, um damit weitere Wahlgrundsätze wie die Geheimheit der Wahl, die Öffentlichkeit der Wahl, abzuschaffen und Wahlergebnisse in Ihrem Sinne beeinflussen zu können.“ Der Bundeswahlleiter Georg Thiel sagte hingegen, die Briefwahl sei so sicher wie die Urnenwahl, und die internationale Wahlbeobachterin Tana de Zulueta hält den deutschen Prozess für einen der transparentesten, den sie je gesehen habe.
„Der AfD-Bundestagsabgeordnete Stephan Brandner ist berüchtigt für seine Kommentare in den sozialen Medien. Und er ist mit ihnen erfolgreich. Auf die Wahrheit nimmt er dabei allerdings wenig Rücksicht. Ein Faktencheck.„
Für mich persönlich das bisher primitivste Mitglied das je im Bundestag gesessen hat. Er erinnert mich an ein altes Sprichwort : Man kann jeden Menschen aus der Gosse holen aber die Gosse nicht aus jedem Menschen.
